XmlDocument doc = new XmlDocument();
doc.Load("c:\\config.xml");
XmlNodeList list = doc.SelectNodes("/configuration/item");
List<XmlNode> arrNode = new List<XmlNode>();
foreach (XmlNode node in list)
{
    arrNode.Add(node);
}
// 关键：使用匿名方法，按节点的Value排序
arrNode.Sort(delegate(XmlNode x, XmlNode y)
{
    return x.Value.CompareTo(y.Value);
    //如果要降序排序，改成下面这句
    //return -x.Value.CompareTo(y.Value);
});
doc = new XmlDocument();
System.Xml.XmlDeclaration xdec = doc.CreateXmlDeclaration("1.0 ", "GB2312 ", null);
doc.AppendChild(xdec);

foreach(XmlNode xn in arrNode)
    doc.AppendChild(xn);

doc.Save("c:\\config.xml");